Master Biologie-Santé : Oncologie Moléculaire et Biothérapies

Prérequis

Enseignements en Biologie Cellulaire : constituants moléculaires et structuraux de la cellule.

Description

Partie I. : Eléments en Cis/Trans régulateurs de la transcription d’un gène

• Promoteur (promoteurs alternatifs, site(s) d’initiation de la transcription), Enhancers/Insulators

• Pré-ARN-messager (coiffe, éléments régulateurs de l’épissage, épissage alternatif, polyadénylation

• Régions 5’ et 3’non-traduites de l’ARNm (efficacité de la traduction, stabilité, localisation cytoplasmique, clivage alternatif et polyadénylation).

• Facteurs spécifiques (inductibles, tissus, stade de développement), domaine d’interaction avec l’ADN, domaine de transactivation.

-ARN non codants (Longs ARNs, miRNA, siRNA, mécanismes de stabilité et de surveillance de la qualité des ARNm).

Partie II : régulation épigénétique des Génomes

• Modification post-traductionnelles des histones et méthylation de l’ADN (Facteurs Cis/Trans, variants d’histones et complexe de remodelage de la chromatine).

• Héritabilité épigénétique générationnelle et trans-générationnelle.

• Epigénétique et régulation fine des gènes du développement.

• Epigénétique et contexte socioculturelle (Nutrition, comportement, stress).

• Epigénétique et cancers et thérapies.

Les Travaux Dirigés sont sous formes d’articles relatifs aux différents enseignements magistraux.

Objectif

Maitrise des processus biologiques associés à la régulation de l'expression des gènes.

Prérequis

Constituants moléculaires et structuraux de la cellule. Biologie moléculaire de la cellule. Signalisation cellulaire. Trafic intracellulaire.

Description

Cours Magistraux :

• Prolifération cellulaire : contrôles moléculaires des étapes du cycle, de l’arrêt et de l’entrée en prolifération (signalisations et fonctions). Dérégulations et cancer. Sénescence. Interface prolifération/différenciation.

• Différenciation : différenciation musculaire (origine embryonnaire des cellules musculaires, myogénèse, cellules satellites musculaires, pathologies musculaires majeures). Transdifférenciation. Ostéogénèse. Différenciation adipocytaire.

• Mort cellulaire : le concept de mort cellulaire. L’apoptose, la nécrose, la nécroptose et l’anoïkis (signalisations, fonctions). L’autophagie (recyclage cellulaire). Interface différenciation/Apoptose (exemple des lymphocytes).

Travaux Dirigés : Analyse de documents en relation avec le cours.

Objectif

Maitrise des processus biologiques associés à la prolifération, à la différenciation et à la mort cellulaire selon les notions les plus actuelles : aspects moléculaires, signalisations.

Description

Expérimentation: mise en place d'une mini étude expérimentale: de la conception à la réalisation  pratique.

Projet d’étude bibliographique sur un thème scientifique choisi par un tuteur enseignant-chercheur.

Description

Droit de l’entreprise, Gestion-Comptabilité, Communication personnelle (CV, entretiens, outils biblio et rédactionnels).

Objectif

Notions de droit, de gestion et de comptabilité des entreprises, et maîtrise d’outils de rédaction de rapports.

Description

Un stage complémentaire à la formation est un stage d'une durée minimum de 4 semaines, non prévu dans la maquette de formation et dont le sujet est validé en amont par un membre de l'équipe pédagogique, et qui donne lieu à une restitution. Ce stage peut s'effectuer entre la L3 et le M1 ou entre le M1 et le M2. Le bonus obtenu peut être au maximum 0.33 points sur la moyenne du semestre suivant la restitution du stage.

Description

Afin d'encourager l'implication des étudiants au développement de la vie sur le campus, un bonus d'un maximum de 0.33 point par an pourra leur être accordé sur la moyenne d'un semestre de printemps. Par exemple, cette implication pourra être : la création d'associations ou de fédérations, l'organisation de manifestations culturelles, le développement d'outils pour le suivi des anciens étudiants, la participation à l'organisation des dispositifs de communication sur le campus (forum, rencontre avec lycées, écoles, entreprises...), la participation active aux conseils et études permettant l'amélioration de la vie étudiante... Ce projet devra être validé par une commission en début d'année et donner lieu à un rapport et une présentation orale pour que le bonus soit validé.

Description

Les étudiants suivant les cours de François Langue Etrangère (FLE) peuvent bénéficier d'un bonus maximum de 0.33 point sur la moyenne du semestre de printemps de leur formation.

Description

Un stage complémentaire à la formation est un stage d'une durée minimum de 4 semaines, non prévu dans la maquette de formation et dont le sujet est validé en amont par un membre de l'équipe pédagogique, et qui donne lieu à une restitution. Ce stage peut s'effectuer entre la L3 et le M1 ou entre le M1 et le M2. Le bonus obtenu peut être au maximum 0.33 points sur la moyenne du semestre suivant la restitution du stage.

Description

Les questions de société dans lesquelles la science est impliquée vont en nombre croissant:  nucléaire, OGM, nanotechnologies, réchauffement climatique, etc.... La science est perçue par le grand public comme source de progrès mais aussi de risque. Cette unité d'enseignements  combine à la fois des débats sur des questions de société et un enseignement en anglais.

Objectif

Cette unité d’enseignements vise à :

(i) sensibiliser aux impacts qu'a souvent la science sur la société, et à l'inverse à l'impact de la société sur la science, en abordant plusieurs thèmes au coeur de certains problèmes du monde actuel. Beaucoup des impacts sont immédiats, tandis que d'autres sont beaucoup plus à long terme. (ii) appréhender la mise en oeuvre d’argument(s) scientifique(s) en société

(iii) développer des compétences en communication scientifique en langue anglaise

Prérequis

Biologie Cellulaire, Biologie Moléculaire, Génétique, notions de Physiologie.

Description

Cette UE vise à montrer comment les biotechnologies sont utilisées pour fabriquer des produits thérapeutiques avec comme exemple principal (mais non exclusif) les nouvelles thérapies anti-cancéreuses.

Cours Magistraux :

• Les différentes approches thérapeutiques : de la chimiothérapie aux thérapies ciblées (Anticorps thérapeutiques, immunothérapie/thérapie cellulaire, thérapie génique, vaccins, thérapie ciblée « inib) »).

• Les méthodes d’obtention et de fabrication/production de ces biothérapies : Isolement des gènes et cibles d’intérêts, vecteurs d’expression, choix de l’hôte pour la production (bactéries, levures, cellules eucaryotes supérieurs etc…), systèmes de production (de la flasque au bioréacteur) et de purification.

• Ingénierie moléculaire et cellulaire pour améliorer les propriétés des protéines recombinantes et leur production (dont approches de mutagénèse, modif post-traductionnelles…), mais aussi vecteurs viraux et nanoparticulaires.

• Quelques notions réglementaires et de propriété intellectuelle.

Travaux Dirigés : Etudes d’articles en rapport avec le Cours.

Objectif

L'étudiant aura acquis des compétences en liens avec : le marché, le fonctionnement et l'utilisation des nouvelles biothérapies, la maîtrise théorique des outils de production des biothérapies, les modèles expérimentaux de validation préclinique des biothérapies.

Description

Stage de 2 mois en entreprise ou dans une unité de recherches.

Description

Cette UE s'intéresse aux conditions physiologiques et aux mécanismes moléculaires de l’activation des lymphocytes, aux mécanismes de l’immuno-surveillance et de la lutte anti-tumorale.

 Cours magistraux :

• Activation/anergie /tolérance des lymphocytes (T, B et NK).
• Synapses immunes et « checkpoints » immunologiques.
•   L’immunité anti-tumorale : immunoédition et cancer.
• Relations SNC et immunité, voie cholinergique anti-inflammatoire, stress/immunité et cancer.  TD : travail sur articles scientifiques et sujets types.

Objectif

Savoir analyser comment l’immunité anti-tumorale est modulée par le milieu environnemental, les conditions de stress ou les cellules tumorales elles-mêmes.

Prérequis

Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie / Licence Biochimie Biologie Moléculaire et Cellulaire, Génétique ou équivalent.

Description

Cette UE doit permettre aux étudiants de découvrir les principes fondamentaux qui gouvernent l’initiation, la progression ainsi que la dissémination de différents cancers grâce à un enseignement réalisé par une équipe multidisciplinaire associant des biologistes et des cliniciens spécialistes du cancer. Ainsi, après avoir détaillé les mécanismes de bases de l’oncogenèse et les caractéristiques des tumeurs à partir de l’étude du cercle de Hanahan et Weinberg, ils développeront des connaissances plus spécifiques sur certains de ces mécanismes notamment en ce qui concerne l’angiogenèse tumorale, la résistance à la mort cellulaire, l’addiction oncogénique, la dérégulation des voies de signalisation, les cellules souches cancéreuses ou encore les mécanismes d’invasion et de transition épithéliale mésenchymateuse. Des notions concernant les principales thérapies conventionnelles (Chimiothérapie et radiothérapie) appliquées en oncologie ainsi que des connaissances récentes concernant la classification histo-moléculaire de certains cancers et l’évolution de leur prise en charge à l’aide de thérapies ciblés seront également abordées. Les outils et méthodes indispensables afin de mettre en oeuvre une démarche de recherche translationnelle seront étudiés en particulier les principales bases de données dédiées à l’oncologie, l’utilisation réglementaire des collections de ressources biologiques ainsi que la méthodologie des essais cliniques.

Objectif

L’ensemble de cette UE basé sur un enseignement multidisciplinaire associant des biologistes et des cliniciens spécialistes du cancer permettra aux étudiants d’acquérir les compétences nécessaires concernant les principaux mécanismes de l’oncogenèse, les thérapies utilisées en cancérologie et les dernières connaissances sur les principaux modes de prise en charge des cancers afin d’être en capacité dans l’avenir de mettre en œuvre et développer une recherche originale dans un domaine en perpétuel évolution. Les compétences acquises constituent un prérequis pour poursuivre dans le parcours M2 Oncologie Moléculaire et Biothérapies et pour s’orienter à plus long terme vers la recherche académique ou privé.

Description

Initier les étudiants aux méthodologies d’analyses haut débit les plus courantes visant à l’étude du génome, du transcriptome et du protéome. Donner de solides bases dans l’analyse de données du transcriptome issues de puces à ADN d’expression et de RT-PCR quantitative.

Langue

français

Objectif

Les étudiants connaîtront l’ensemble des techniques haut débit les plus courantes visant à l’étude du génome, du transcriptome et du protéome. Ils seront capables, à partir de données brutes d’expression issues de puces à ADN et de RT-PCR quantitative, de réaliser, de manière autonome, l’ensemble du pipeline d’analyse sous l’environnement R et à l’aide d’outils disponibles sur le Web couramment utilisés dans le domaine de la transcriptomique.

Description

Maitriser les méthodologies d’analyses haut débit visant à l’étude du génome, du transcriptome, de l’épigénome, du protéome et de l’interactome. Donner de solides bases dans l’analyse de données de séquençage de nouvelle génération visant à l’étude du génome et du transcriptome. Exploiter des données protéomiques.

Objectif

Les étudiants connaîtront l’ensemble des techniques haut débit visant à l’étude des différents « omes ». Ils seront capables, à partir de données brutes d’expression issues de séquençage de nouvelle génération, de réaliser, de manière autonome, l’ensemble du pipeline d’analyse sous les environnements GALAXY et R et à l’aide d’outils disponibles sur le Web couramment utilisés dans le domaine de la génomique et de la transcriptomique. Ils seront capables de rechercher et d’intégrer différentes données au sein d’un réseau biologique.

Description

Cet enseignement s’intéresse au développement normal et pathologique des lymphocytes B.

L’UE aborde les mécanismes génétiques et moléculaires propres aux lymphocytes B normaux et impliqués dans leur transformation maligne. Les lymphomes B seront étudiés en s’intéressant notamment aux critères de classification, aux méthodes de diagnostic, aux mécanismes de transformation, et aux différents modèles expérimentaux indispensables à leur étude pour in fine développer de nouvelles stratégies thérapeutiques.

Un séminaire par un intervenant extérieur sur la thématique de l’UE est proposé.

Cours Magistraux :

• Recombinaisons des gènes d'immunoglobulines (Ig).
• Régulation transcriptionnelle et post-transcriptionnelle des transcrits d’Ig : surveillance des ARNs et impact des Ig tronquées au cours du développement B normal et pathologique.
• Développement lymphocytaire B terminal et pathologies associées aux immunoglobulines monoclonales.
• Organisation structurale des gènes d’Ig au noyau des lymphocytes B : recombinaison et translocation.
• Contrôle du destin de la cellule B en fonction de la classe du BCR.
• La classification des lymphomes B.
• Mécanismes moléculaires de la lymphomagenèse B.
• L’immunosurveillance des lymphomes B : cas particulier des lymphocytes B infectés par le virus Epstein-Barr.
• Analyses haut-débit des lymphomes B.

Objectif

• Comprendre et savoir interpréter des données scientifiques sur la physiologie et la physiopathologie des lymphocytes B.
• Faire preuve de rigueur et d'esprit critique dans la formulation de conclusion scientifiques.

Prérequis

M1 Biologie-Santé : Biotechnologies Appliquées aux Biothérapies

Description

Suite de l’UE « Biotechnologies Appliquées aux Biothérapies » du M1.

Avec comme exemple les nouvelles thérapies contre le cancer, cet UE abordera l’ensemble des biothérapies et thérapies ciblées, de leur rationnel et leur conception aux essais cliniques. L’UE reprendra en partie les différentes thérapies déjà abordées en M1 mais avec des exemples plus spécifiques et plus détaillés (plus concrets) sur certains cancers et certaines thérapies en particulier.

Chaque exemple reprendra l’ensemble du développement d’une thérapie, de l’idée originale jusqu’à sa mise sur le marché en passant par les différentes notions évoquées lors du M1 (rationnel, ingénierie, production, purification, propriété intellectuelle). Seront évoqués en détails les protocoles et modèles d’études précliniques (in vitro et in vivo) pour tester l’efficacité mais aussi la pharmacocinétique et la toxicité.

Les cours seront en partie réalisés par les étudiants à partir d’un support de départ sous forme de publication (pédagogie inversée).

Objectif

L'étudiant aura acquis des compétences approfondis en liens avec : le marché, le fonctionnement et l’utilisation des biothérapies, la maîtrise théorique des outils de production des biothérapies, les modèles expérimentaux de validation préclinique des biothérapies.

Prérequis

UE spécifiques du M1 parcours OMB (Bases de l’oncologie, Systèmes Intégrés et Cancer, Biotechnologies appliquées aux biothérapies) ou toutes UE ayant un contenu similaire.

Description

Cette UE analyse les conditions de la progression tumorale liées au contexte environnemental des tumeurs dans le cas principalement des tumeurs solides. L’environnement très particulier des tumeurs hématologiques (lymphomes B) et cérébrales seront étudiés comme exemples spécifiques.

Des séminaires par des intervenants extérieurs sur la thématique de l’UE sont proposés.

Cours Magistraux :

•     Microenvironnement tumoral (TME), inflammation et progression tumorale.
•     Transition épithélio-mésenchymateuse et métastase tumorale.
•     Cellules souches tumorales.
•     Cas du TME dans les lymphomes B et dans les tumeurs cérébrales.
•     Biopsies liquides (dont les exosomes), suivi et traitements des cancers.

Objectif

• Comprendre et savoir interpréter des données scientifiques sur la thématique de l'UE.

• Faire preuve de rigueur et d'esprit critique dans la formulation de conclusion scientifiques.

Description

Semaine en immersion avec enseignants-chercheurs anglophones. Journal club, Debates, CV, phone interview, Job interview, elevator pitch. Poster session en présence de l’ensemble des responsables projets.

Langue

anglais

Prérequis

UE spécifiques du M1 parcours Oncologie Moléculaire et Biothérapie (Bases de l’oncologie, Systèmes Intégrés et Cancer, Biotechnologies appliquées aux biothérapies) ou toutes UE ayant un contenu similaire.

Description

UE ciblée sur les mécanismes, intrinsèques à la cellule, impliqués dans l’initiation et la progression tumorale. Abordés selon le cercle de Hanahan et Weinberg.

Cours magistraux :        

• Les gènes suppresseurs de tumeur.
• La régulation du cycle cellulaire
• Les signalisations spécifiques des morphogènes dans les cellules tumorales (exemple de la voie WNT dans le cancer colo-rectal).
• Les signalisations des RTK (exemple de l’EGFR dans le cancer du poumon ou dans le glioblastome)
• Epigénétisme et cancer
• La résistance a la mort cellulaire
• Lien des cellules tumorales avec la MEC : intégrines ; enzymes matricielles
• Les dérégulations métaboliques : exemple de l’autophagie, effet Warburg (conférence scientifique).

Objectif

• Comprendre et savoir interpréter des données scientifiques sur la thématique de l'UE.

• Faire preuve de rigueur et d'esprit critique dans la formulation de conclusion scientifiques.

Description

Un stage complémentaire à la formation est un stage d'une durée minimum de 4 semaines, non prévu dans la maquette de formation et dont le sujet est validé en amont par un membre de l'équipe pédagogique, et qui donne lieu à une restitution. Ce stage peut s'effectuer entre la L3 et le M1 ou entre le M1 et le M2. Le bonus obtenu peut être au maximum 0.33 points sur la moyenne du semestre suivant la restitution du stage.

Description

Outils de management, management projet, sensibilisation à l’entreprenariat, propriété intellectuelle et industrielle. Cours donnés sous forme d’ateliers ou de conférences par des professionnels de la sphère privée.

Objectif

Notions de management d’équipe, Notions sur la Propriété intellectuelle, sur les contraintes industrielles et les montages de projets R&D.

Prérequis

Connaissance des techniques de base en biologie cellulaire et moléculaire. Formation à l’analyse de publications.

Description

Formation technologique: présentation et initiation aux technologies en Biologie proposées par les différentes plateaux techniques de la plateforme BISCEm (Biologie Intégrative Santé Chimie Environnement).

Projet : Projet d’étude sous forme de dossier d’appel d’offre « type ANR ». Le but étant de proposer un projet scientifique réaliste visant à améliorer la thérapie, le diagnostic, la prise en charge ou la compréhension d’une pathologie en lien avec les UEs spécifique des parcours. Les projets sont tutorés par un responsable enseignant spécialiste du domaine et évalués en milieu de semestre par la présentation d’une lettre d’intention puis par la rédaction d’un rapport type « mini ANR » et une soutenance en fin de semestre.

Objectif

Formation à la demande de financement d’un projet de recherche s’appuyant sur les technologies les plus récentes.

Description

Sage de 6 mois en entreprise ou dans une unité de recherches.

Description

Les étudiants suivant les cours de Français Langue Etrangère (FLE) peuvent bénéficier d'un bonus maximum de 0.33 point sur la moyenne du semestre de printemps de leur formation.

Description

Afin d'encourager l'implication des étudiants au développement de la vie sur le campus, un bonus d'un maximum de 0.33 point par an pourra leur être accordé sur la moyenne d'un semestre de printemps. Par exemple, cette implication pourra être : la création d'associations ou de fédérations, l'organisation de manifestations culturelles, le développement d'outils pour le suivi des anciens étudiants, la participation à l'organisation des dispositifs de communication sur le campus (forum, rencontre avec lycées, écoles, entreprises...), la participation active aux conseils et études permettant l'amélioration de la vie étudiante... Ce projet devra être validé par une commission en début d'année et donner lieu à un rapport et une présentation orale pour que le bonus soit validé.