L3 Sciences de la Vie - parcours Biochimie, Biologie Moléculaire et Cellulaire, Génétique (BBMCG)

Prérequis

Bac général : spécialité SVT

Description

CM (30h) : le concept de biodiversité et la définition des hotspots. L’érosion actuelle de la biodiversité. Les structures, dispositifs d’inventaire et de protection (UICN, CITES, …). Le concept de l’espèce et le système de nomenclature binominale. Les règles de nomenclature. Les classifications hiérarchique et phylogénétique. Les notions d’homologie, les définitions de groupe monophylétique et synapomorphie.La présentation de la diversité du vivant (morphologique, trophique, écologique) et de la classification actuelle des organismes. L’exploration des principales caractéristiques de taxons chez les Archées, Bactéries et Eucaryotes.

TD (6h) : les outils et méthodes d’observation en biologie. Les différents types de microscopie et leurs usages pour l’observation des cellules, des tissus et des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes). Les colorations simples en biologie : colorants vitaux, colorations spécifiques des micro-organismes (bactéries, champignons, unicellulaires eucaryotes), colorations des tissus, etc. Les règles du dessin d’observation. Le principe et les bases d’utilisation des clés de détermination des spécimens. L’histoire synthétique et l’épistémologie de la botanique.

Langue

Français

Objectif

Maîtrise des bases de la nomenclature et de la classification des espèces; aptitude à observer et reconnaître les espèces sur la base de caractères partagés.

Appréhender les enjeux pesant sur la biodiversité.

Prérequis

Bac général : spécialités SVT, Physique-Chimie et Maths

Description

• Atomes et éléments.
• Organisation des électrons dans l’atome.
• La classification périodique des éléments.
• Les molécules : représentation de Lewis, Géométrie (VSEPR, Hybridation des OA), polarisation (moment dipolaire).

Langue

Français

Objectif

A l’aide tableau périodique des éléments, l’étudiant saura retrouver la composition d’un atome (protons, neutron, électrons). Il saura retrouver sa configuration électronique ainsi que ses propriétés principales (électronégativité, affinité électronique, taille …). Il aura des connaissances de base sur les différents types de liaisons chimiques et saura représenter les molécules selon Lewis, retrouver leur géométrie et leur éventuelle polarité.

Prérequis

Bac général : spécialités SVT, Physique Chimie et Maths

Description

Partie Maths/Stats : CM (3h) + TD (15h)

• Outils mathématiques : nombres et fonctions :

• Nombres réels, intervalles, valeur absolue, distances, proportions, pourcentages,

• Calcul matriciel,

• Fonctions d’une variable réelle : domaine de définition, graphe, représentation,

• Fonctions usuelles : fonctions linéaires, polynomiales, logarithme, exponentiel…* Probabilités :

• Événements, épreuves aléatoires,

• Probabilités conditionnelles, arbres de probabilités, théorème de Bayes, probabilités totales,

• Variables aléatoires, espérance, variance,- Lois discrètes usuelles (Bernoulli, binomiale, Poisson, géométrique…) et loi normale,

• Éléments de convergence, schéma de Bernoulli, interprétation du Théorème central limite.

Partie Physique : CM (6h) TD (9h) Introduction à la mécanique des fluides.

• Statique des fluides :

• Notion de pression, loi de Pascal,

• Poussée d’Archimède.

• Dynamique des fluides newtoniens :

• Loi sur les débits (conservation de la matière),

• Frottements, notion de viscosité,

• Régimes d’écoulement,

• Pertes de charge,

• Théorème de Bernoulli,

• Loi de Poiseuille,

• Force de frottements visqueux.

• Tension superficielle et capillarité :

• Notion de tension de surface,

• Loi de Laplace,

• Angle de contact, loi de Jurin.

TP (3h) : Fonctionnement optique de l’œil

                                   - l’œil emmétrope,

                                   - l’œil myope,

                                   - l’œil hypermétrope,

                                   - La presbytie.

Langue

Français

Objectif

Bases de mathématiques et physiques appliquées en biologie.

Prérequis

Bac général : spécialité SVT

Description

CM (24h) : Fondamentaux en Sciences de la Terre et de l’Univers ; applications pour la gestion du risque et de l’aléa ; re-contextualisation de la géologie et approche historique des Géosciences.- Planétologie et spécificités de la Terre

• La tectonique des plaques : dynamique actuelle et compréhension du modèle,

       - Les matériaux des enveloppes terrestres : les grandes familles de roche,

            - Fossiles et fossilisation et datation relative,

            - Risques naturels – les séismes,

            - Risques naturels – inondations,

            - Risques naturels – le volcanisme,

            - Géo-ressources minérales.

TD (12h) : Planétologie, Tectonique, Sismicité/structure de la Terre, Géo-ressources.

Objectif

Connaître la structuration de la Terre, la dynamique terrestre liée à ses composant. Transposer des notions fondamentales à la gestion du milieu naturel et en réponse aux évolutions et enjeux sociétaux (consommation de matières premières, aménagement du territoire…)

Prérequis

Bac général

Description

UE en distanciel :* Projet Voltaire

• Informatique Outils
• Méthodes de Travail Universitaire.

Langue

Français

Objectif

Maîtriser les pré-requis en français et en informatique et acquérir les méthodes de travail nécesaires à la réussite en L1.

Bibliographie

Prérequis

Bac général : spécialité SVT et Physique-Chimie

Description

• Rappels d’atomistiques sur les principaux éléments présents dans le monde vivants, valence, liaisons chimique.

 - Les acides aminés constituants des protéines ; structure et classification des 20 acides aminés, propriétés chimiques des acides aminés, fonctions acides et bases faibles, courbes de titration des acides aminés, définitions des pK, pHi.

• Liaison peptidique, structures I, II, III et IV des protéines.

• Détermination de la structure primaire, hydrolyse acide, dégradation d’Edman.

• Classes et fonctions des protéines et notions  d’enzymologie.

• Exercices en relation avec le cours :- Structure des acides aminés et d’oligopeptides, titration des acides aminés, ….

• Les glucides : Nomenclature ; Filiation des oses ; Structure cyclique des oses ; La liaison osidique ; Les disaccharides et polyosides (amidon et glycogène).

• Exercices sur : la stéréoisomérie et la cyclisation des oses ; Les dérivés d’oses ; La liaison osidique et l’analyse de polyosides simples.

• Les lipides : Nomenclature et structure des acides gras, acyls glycérol, phospholipides membranaires PC, PE, PG, glycolipides, (céramides, sphingolipides simples ex cérébrosides), structure du cholestérol.

• Les vitamines hydrosolubles du complexe B et vitamine C. Modification des vitamines en coenzymes, structure et fonction du Thiamine PP, FMN, FAD, NAD+, NADP+, CoA-SH, acide folique, DHF, THF, pyridoxal phosphate, etc… Présentations sur quelques exemples des formes réduites/formes oxydées, implication de ces coenzymes dans des réactions d’oxydo-réduction.

- Les nucléotides et les acides nucléiques - Biochimie des nucléotides, structure de l’ADN (nucléotides libres et acides nucléiques) La découverte de l’ADN, l’ADN support de l’hérédité,- Notions de gènes et génomes.

• La membrane plasmique : L’organisation eucaryotique vs procaryotique ; La membrane plasmique et les transports membranaires ; La matrice extracellulaire ; Les interactions cellulaires.- Les systèmes endomembranaires : L’ultra-structure nucléaire, l’organisation de la chromatine, les fonctions ; Les transports nucléo-cytoplasmiques ; La synthèse et routage des protéines : RE, Golgi, ERGIC, sécrétion, lysosomes et peroxysomes ; La production énergétique dans la cellule eucaryote : La mitochondrie, Le chloroplaste.- Le système membranaire chez les végétaux : La paroi ; Les interactions dans les systèmes végétaux ; La vacuole et les différents plastes.                                                                           - Le cytosol et le cytosquelette :Le hyaloplasme et les différents types de filaments du cytosquelette ; La motilité cellulaire.                                                                        

Langue

Français

Objectif

Identifier et classer les différentes biomolécules et leur attribuer un rôle biologique dans le contexte de la compartimentation cellulaire.

Prérequis

Bac général : spécialité SVT, Physique-Chimie et Maths.

Description

Partie Animale :

• Biologie : **(CM 6h)** Diversité et parenté des vertébrés ; Origine du plan d’organisation et principales étapes de son acquisition ; Anatomie comparée des systèmes :musculo-squelettique, tégumentaire et uro-génital. (TD 3h)Exercices, analyse de documents et sujet « type ». (TP 6 h)Dissections(maquereau et poussins) ;Utilisation de matériel de dissection et microscopes.
• Physiologie : **(CM 6h) Le concept d’homéostasie (limites physiologiques et mécanismes de régulations (ex : réflexe d’évitement, contrôle de la glycémie …) ; Le milieu intérieur (compartiments liquidiens de l’organisme, régulation de l’équilibre hydrominéral …) ; Les éléments figurés du sang (hématocrite, bases de l’hématopoïèse). (TD 6h) Exercices, analyse de documents (contrôle de la glycémie, les diabètes) et sujet « type ». Partie Végétale :* Biologie : **(CM 4h30) Cycle de développement des plantes (angiospermes) ; Utilisation et domaine d’application des plantes ; Morphologie (plante entière) – méristèmes.
• Physiologie : **(CM 12h)** Généralité sur photosynthèse, nutrition hydrique et minérale ; Les phytohormones (découverte et activités biologiques) ; La croissance (échelle de la plante entière ; influence facteurs environnementaux) ; La dormance (organes végétatifs et reproducteurs).
• TD (7h30) : Exercices sur les activités biologiques des phytohormones (analyses de documents) ; Morphologie, dessin/schéma plante ; Analyses des résultats de TP ; Wooclap (QCM + correction) ; Sujet “type” (annales examens).
• TP (3h) :Etiolement/phototropisme ; extraction de pigments, et dosages par spectrophométrie.

Langue

Français

Objectif

Identifier et discriminer les vertébrés.Maîtriser les bases de la physiologie animale (homéostasie);

Maîtriser les bases de la morphologie et de la régulation de la croissance et du développement des plantes à fleurs.

Prérequis

Bac général : Spécialités SVT, Physique-Chimie et MathsLicence : UE CMSC (Semestre 1)

Description

• CM (24h) :      

• L'ADN : Chromosome et chromatine - Notions de gènes, génomes et séquences particulières – Réplication.

• Le flux de l'information génétique : Transcription – Transport nucléo-cytoplasmique – Traduction et modifications co- et post-traductionnelles – Routage des protéines.

• La production d'énergie : Chloroplaste et Mitochondrie.

• La diversité cellulaire : Cellules souches animales - cellules méristématiques - cellules différenciées.

• Le cycle cellulaire : Différentes phases – Cas de la méiose – Régulation – Mort cellulaire.

• TD (33h) :     

• Techniques de base en Biologie moléculaire et cellulaire.

• Exercices de découverte et d’application des concepts de cours.

• TP (6h) :       

• Diversité structurale cellulaire.

• Fractionnement cellulaire.

• Initiation à la culture cellulaire.

Langue

Français

Objectif

Principes structuraux et fonctionnels d’une cellule animale et d’une cellule végétale.

Prérequis

Bac général : spécialités SVT, Physique-Chimie et MathsLicence : CMSC, IDV et BPAV1 (semestre 1)

Description

Partie Animale :

• Biologie : (CM 6h) Anatomie comparée des systèmes : circulatoires, respiratoires, nerveux et digestif. (TD 1h30) Analyse de documents et sujet « type ».
• Physiologie (CM 15h) Physiologie des érythrocytes (groupes sanguins et transports des gaz respiratoires) ; Physiologie des thrombocytes (coagulation) ; Physiologie des leucocytes (immunité innée et immunité adaptative) ; Complexe hypothalamo-hypophysaire (principaux axes neuro-endocriniens) ; Régulation de la pression artérielle (réponse physiologique intégrée). (TD 10h30) Exercices (groupes sanguins, axe gonadotrope) ; Analyse de documents (immunologie) et sujets « types ». (TP 3h) :Mesure de la pression artérielle chez l’Homme (mesure sphygmomanomètre et stéthoscope vs cardiomicrophone, mesure tension systolique vs pouls du doigt, influence de la position du bras sur la mesure de la PA). Utilisation du matériel ADInstrument. 

**Partie Végétale :* Biologie : (CM 9h)** Les tissus végétaux : principales caractéristiques chez les Angiospermes et Gymnospermes ; Graines et germination.

• Physiologie : (CM 6h) Les phytohormones (mode d’action à l’échelle cellulaire), biosynthèse et dégradation ; La croissance à l’échelle cellulaire.
• TD (15h) : Exercices activités biologiques des phytohormones à l’échelle cellulaire ; Histologie végétale : analyses de coupes histologiques ; Critères de reconnaissance ; Analyses statistiques de résultats expérimentaux ; Wooclap (QCM + correction) ; Sujet “type” biologie et physiologie (annales d’examen).
• TP (6h) :Morphologie cellulaire au cours de la croissance (vacuole) ; Histologie de la racine ; Régulation hormonale de la différenciation et de la croissance racinaire ;  histologie destissus aériens.

Langue

Français

Objectif

Identifier et discriminer les vertébrés. Maîtriser les bases de la physiologie animale (neuro-immuno-endocrinienne).Maîtriser les bases de la régulation hormonale chez les plantes.Identifier les tissus végétaux, discriminer les Angiospermes et les Gymnospermes.

Prérequis

Licence SVT : Géosciences 1 (semestre 1)

Description

**CM (22,5h) :   *** Fossiles stratigraphiques, Fossiles de faciès,

• Premières traces de vie, explosion du cambrienne,
• Crises biologiques et grandes étapes dans l’histoire de la biosphère,
• Origine de la vie : grandes théories,
• Corrélation bio-/lithostratigraphiques,
• Bases de Cristallographie,
• Bases de minéralogie : classification, les silicates,
• Minéralogie : caractérisation macro/micro, applications. TD (13,5h) :   Observation macroscopique des fossiles, dynamiques de la Terre et de la vie, atmosphère primitive/actuelle, divisions litho- et bio-stratigraphiques, reconstructions paléoenvironementales, reconnaissance macroscopique de minéraux, Les paramètres de maille, la formule structurale.

Langue

Français

Objectif

Connaître des bases de paléontologie et biostratigraphie, savoir identifier les fossiles et interpréter le registre fossile.

Prérequis

Bac général : Spécialités SVT, Physique-Chimie et Maths

Description

**Partie Maths/Stats : CM (3h) + TD (15h)*** Limites et continuité :

• Suites numériques et limite,- Limites de fonctions, croissance des fonctions usuelles,- Continuité.*  Dérivation et intégration :
• Dérivée de fonctions usuelles, dérivée de fonctions composées,- Introduction aux équations différentielles,- Notions d’intégration.*  Statistiques :
• Langage statistique (séries, population, échantillon…),- Statistique descriptive en dimension un (moyenne, variance, écart-type, quartiles..),- Statistique descriptive en dimension deux (covariance, corrélation),- Modélisation avec les lois usuelles,- Estimation ponctuelle et par intervalle de confiance.

Partie Physique : CM (6h) TD (12h) Phénomènes de transport.* Mouvement Brownien.                            

• Diffusion :
• Les grandeurs caractéristiques (coefficient de diffusion, longueur de diffusion),- Loi de Fick.,- Equation de diffusion 1D,- Régime permanent : diffusion à travers une membrane.* Transport à travers des membranes hémiperméables (semi-perméables) – osmose :
• La pression osmotique,- Loi de Van’t Hoff.* Membranes dialysantes :

• Equilibre de Donnan,

• Relation de Nernst,

• Pression oncotique.

• Sédimentation et ultracentrifugation.

Langue

Français

Objectif

Bases de mathématiques et physiques appliquées en biologie.

Prérequis

Bac général : spécialités SVT, Physique-Chimie et Maths

Description

Partie Chimie organique :** CM (9h) TD (6h)**

Nomenclature, stéréochimie, effets électroniques. Partie Thermochimie :** CM **(10,5h) TD (10,5h)

Chaleur, applications du premier principe, fonctions d’état, loi de Hess, loi de Kirchhoff, chaleurs de réaction de formation, Energie de liaison, application du second principe, entropie, enthalpie libre, Monôme des activités, équilibre et déplacement d’équilibre.

Langue

Français

Objectif

Partie Chimie organique :****L’étudiant.e sera capable de nommer une molécule organique en accord avec les règles de l’IUPAC. Il, elle sera capable de représenter des stéréoisomères selon les représentations de Cram, Newman et Fischer. Il, elle saura différencier des énantiomères, diastéréoisomères, conformères et donner la représentation absolue des carbones asymétriques. Il, elle saura représenter les effets électroniques (inductifs et mésomères) au sein de différents composés (molécules, intermédiaires réactionnels…). Il, elle saura définir et expliquer le mécanisme de substitution nucléophile (SN1 et SN2).Partie Thermochimie : ****L’étudiant.e saura calculer une quantité de chaleur échangée avec le milieu extérieur au cours, d’une part, de la variation de température d’un corps pur, d’un changement d’état et d’autre part, au cours d’une réaction chimique. Il.elle saura caractériser l’état d’équilibre d’un système et quantifier sa composition chimique à l’état d’équilibre. Il.elle saura identifier le critère de spontanéité d’une réaction.

Prérequis

Biologie et Physiologie Animale et Végétale 1 et 2

Description

Physiologie Animale :

CM 16,5h : Physiologie des cellules excitables : neurone, cellules gliales, systèmes musculaires

TD 4,5h : Analyse de documents relatifs au cours : exemple de physio pathologies

TP 6h : Etude du potentiel d’action (nerf isolé) et stimulation ; Electro-myographie

Physiologie Végétale :

CM 15h : La nutrition carbonée (photophosphorylation oxydative, cycle de Calvin, photorespiration, le métabolisme en C4 et CAM et influence de l’environnement sur le processus photosynthétique), Régulation des échanges gazeux, nutrition hydrique (flux verticaux, horizontaux, transport membranaire de l’eau, notion d’osmose, de potentiel hydrique et osmotique) et nutrition azotée (introduction nutrition minérale et voie métabolique et régulation de la nutrition azotée : nitrate réductase, nitrite réductase, glutamine synthase, GOGAT)

TD 6h : Exercices sur la nutrition carbonée, hydrique, azotée des plantes

TP 6h : Extraction et caractérisation des pigments chlorophyllien, mesure des échanges hydriques

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Langue

Français

Objectif

Connaitre les caractéristiques structurales et fonctionnelles des cellules excitables ; Savoir évaluer et analyser les besoins nutritionnels des végétaux.

Prérequis

Bac : Spécialités SVT, Physique Chimie et Maths

UE : Chimie 1 (Atomistique) et Chimie 2 (Thermodynamique)

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Description

CM : Bases des équilibres chimiques en solution : acide/base ; solubilisation/précipitation ; complexation ; oxydo-réduction.

1.          Rappels (unités, concentrations, dilutions, stœchiométrie, outils mathématiques)

2.         L’eau = solvant polaire

3.         Réactions acide-base

4.         Composés peu solubles - Equilibre de solubilité

5.         Complexes solubles

6.         Réactions d’oxydo-réduction

TD : Mise en application à travers des exercices des différentes réactions rencontrées en chimie des solutions.

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Langue

française

Objectif

Principales réactions en chimie des solutions (e.g. : oxydoréduction, complexation,…) impliquées dans de nombreux domaines de la biologie et des sciences environnementales (e.g. : respiration, photosynthèse, précipitation/dissolution des minéraux, composition des systèmes aquatiques naturels, …).

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Prérequis

Constituants Moléculaires et Structure de la Cellule (S1)

Biologie Moléculaire de la Cellule (S2)

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Description

CM (16h30):            

• Mécanismes de maintenance de l’intégrité du génome (procaryote et eucaryote):

i) Rappels sur la structure du génome, chromatine et nucléosome ; ii) Réplication de l’ADN ; iii) Réparation de l’ADN : mécanismes de réparation des erreurs de réplication et des dommages à l’ADN.

• Expression du génome (transcription) (procaryote et eucaryote):

i) Transcription de l’ADN ; ii) Epissage des ARNm ; iii) Mécanismes de régulations transcriptionnelle et post-transcriptionnelle

TD (10h30) :

• Questions de synthèse et QCM en lien avec le cours

• Analyses de résultats extraits d’articles scientifiques permettant d’illustrer les mécanismes vus en cours (mécanismes de maintenance et de transcription du génome)

• Description des outils de biologie moléculaire adaptés à l’étude de ces mécanismes.

@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Objectif

Comprendre les mécanismes moléculaires mis en jeu, chez les procaryotes et les eucaryotes, pour le maintien de l’intégrité du génome (au cours du cycle cellulaire ou suite à un événement mutagène) et pour l’expression du génome (de l’ADN à l’ARN). Maitriser les principes des techniques classiques de biologie moléculaire dédiées à l’étude de ces mécanismes@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Prérequis

L'ensemble des UE d'enseignement de la licence SVT.

Description

Cette UE d'enseignement s'efforce de préparer les étudiants souhaitant intégrer les écoles nationales d'agronomie et vétérinaire par la voie B.

Les enseignements sont 

• 2h/sem de chimie
• 2h/sem d'anglais
• 2h/sem de préparation à l'oral de Sciences et sociétés

Le contenu s'appuie sur le programme du concours  (https://www.concours-agro-veto.net/spip.php?rubrique376)@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}@font-face {font-family:Calibri; panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:swiss; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536858881 -1073732485 9 0 511 0;}@font-face {font-family:"Open Sans"; panose-1:2 11 6 6 3 5 4 2 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:swiss; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870161 1073750107 40 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:12.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:"Times New Roman"; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:1.0pt; mso-ligatures:standardcontextual; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:"Times New Roman"; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-fareast-language:EN-US;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}@font-face {font-family:Calibri; panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:swiss; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536858881 -1073732485 9 0 511 0;}@font-face {font-family:"Open Sans"; panose-1:2 11 6 6 3 5 4 2 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:swiss; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870161 1073750107 40 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:12.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:"Times New Roman"; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:1.0pt; mso-ligatures:standardcontextual; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:"Times New Roman"; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-fareast-language:EN-US;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Langue

Français et Anglais

Prérequis

Connaissances dede la méiose, la mitose, Notions sur la structure des macromolécules (UEconstituants moléculaires et structure de la cellule)

Notions de base en statistiques

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Description

CM : A) Rappels définitions - Cycle de vie : alternance des cycles diploïdes et haploïdes - mitose et méiose : description et comparaionso B) Hérédité mendélienne - définitions : caractère, allèle, génotype, phénotype, nomenclature,… - Monohybridisme - Dihybridisme, polyhybridisme C) Modifications des rapports mendéliens - variation de la dominance (dominance incompléte, co-dominance) - interactions géniques (épistasie, gène suppresseur, gènes complémentaires, duplication) - polyallélisme - gènes létaux D) Hérédité liée à l’X** E) Liaison génétique et Cartographie génétique  **F) Introduction à l’hérédité non mendélienne

TD : exercices d'applications

Langue

Français

Objectif

maitriser les notions et les bases de l'analyse génétique, de la cartographie et l'analyse fonctionnelle chez les eucaryotes

Prérequis

Géosciences 1 et 2

Description

CM (18h) :    

Cartes géologiques et topographiques

Socle et couverture sédimentaire

Diversité géologique et cycles orogéniques anciens

Géomorphologie, analyse du paysage à différentes échelles

Le cycle supergène des roches

Le cycle global de l’eau

L’eau dans les sols et les roches

TD (6h) :        Bassins sédimentaires, coupes géologiques, les ressources géologiques de la France en lien avec son histoire (matériaux de constructions, ressources minérales…), altération, interaction eau-sols, bilans hydriques

TP (3h) : Analyse des indices géomorphologiques pour la compréhension de l’évolution d’un paysage

@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Langue

Français

Objectif

Savoir recenser, extraire, organiser des données issues de sources variées et à différents échelles pour comprendre la relation entre l'histoire géologique de France, ses paysages divers, ses ressources (minérales, en eau, ...).

Prérequis

UE Introduction à la biodiversité

Description

CM :  

• Bactéries, archaebactéries : structures constantes et fonctions, structures facultatives et fonctions ; Croissances bactériennes, chimiotactisme et quorum sensing.

• Virus : virus des cellules eucaryotes, virus des bactéries et archaebactéries

TD : Exercices et analyse de documents en relation avec le cours

TP :Etat frais ; coloration de Gram ; capsule ; croissance bactérienne et paramètres associé@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Objectif

Les étudiants auront les connaissances des structures et des fonctions des bactéries et des notions de leur croissance. Ils sauront manipuler et colorer les bactéries. Ils auront les connaissances structurales et fonctionnelles des virus.

Prérequis

Constituants Moléculaires et Structure de la Cellule Bac spécialités SVT, Physique Chimie et Maths

Description

Métabolisme énergétique   : - Métabolisme des sucres (glycolyse, néoglucogenèse, fermentation, cycle de Krebs, voie des pentoses phosphates)

• Transfert d'énergie et transport d'électrons (chaîne respiratoire : composition, fonctionnement et inhibiteurs, ATPsynthase) au cours de la respiration mitochondriale (théorie chimioosmotique de P. Mitchell). Contrôle respiratoire (utilisation de l’oxymétrie)

 - Catabolisme lipidique :  béta@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}oxydation des acides gras linéaires à nombre pair de carbones

 Introduction à l’Enzymologie :

• Rappels sur la diversité des enzymes (classification, structures protéiques, structures et fonctions de quelques coenzymes d’oxydoréduction)

• Cinétique michaelienne : démonstration de l’équation de la vitesse initiale en fonction de la concentration en substrat (Michaelis) en absence et en présence d’inhibiteurs (compétitif, non compétitif simple et incompétitif). Influence de certains paramètres (température, pH, [enzyme]) sur la vitesse initiale. Représentations graphiques (Michaelis, Eadie-Hofstee, Lineweaver et Burk),

• Présentation des enzymes allostériques.

TD : exercices d'application en relation directe avec le cours.

TP : cinétique de l'hydrolyse de l'urée par l'uréase (détermination Vm et Km) en absence et en présence d'un inhibiteur réversible - Techniques de dosages : du glucose (glucose oxydase), des protéines (méthode de Lowry) - Spectrophotométrie : spectre d'absorption de l'albumine et de l'ADN

 @font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Langue

Français

Objectif

Appréhender la complexité desréactions biochimiques du métabolisme. Acquérir des techniques expérimentales classiques de biochimie. Analyser et interpréter des résultats expérimentaux.

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Prérequis

Chimie organique 1.@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Description

 L'objectif principal de cette unité d’enseignement est de fournir aux étudiants les principes de base de la chimie organique par une introduction à l’étude des structures et de la réactivité des alcanes, des halogéno-alcanes et enfin les alcènes.  Cette unité d’enseignement permet en particulier un apprentissage progressif du concept de mécanisme réactionnel par l’étude d’exemples de réactions essentielles en chimie organique comme des réactions de substitutions nucléophiles, d’éliminations, d’additions électrophiles ou encore d’additions radicalaires.  

CM :                   

Les grandes fonctions de la chimie organique : les alcanes, dérivés halogénés, alcènes

TD :                    

Les travaux dirigés consistent en des séries d’exercices permettant d’une part de proposer quelques rappels fondamentaux sur la nomenclature des molécules organiques, la stéréochimie de base et les effets électroniques et d’autre part d’illustrer par des exemples bien choisis les notions théoriques du cours

TP :                     

Deux séances de travaux pratiques sont proposées afin d’appréhender les réactions chimiques (additions, substitutions) par une approche expérimentale. Ces séances permettent également une initiation à la rédaction de synthèse organique (présentation de modes opératoires, de résultats et de leur discussion) compte rendu de

@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Langue

française

Objectif

@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}Décrire les réactions élémentaires et complexes.

Décrire la réactivité de molécules organiques simples.

Prévoir l’évolution d’une réaction

Comprendre les mécanismes réactionnels de réactions simples

Savoir prévoir le comportement chimique d’un composé organique.

Savoir proposer un mécanisme réactionnel simple.

Capacité d’analyse et de déduction par résolution d’exercices

Exploitation de données expérimentales (analyse, interprétation et conclusion).

Mise en forme de données expérimentales

Exposer et utiliser des connaissances acquises

Prérequis

OSMP1 « ou toute UE ayant un contenu similaire »

Description

Les objectifs de cette unité d’enseignement est d’amener l’étudiant à construire son projet professionnel de façon à préparer au mieux l’entrée en Licence Professionnelle/Master et de développer les compétences nécessaires à l'insertion professionnelle.

Il s’agit pour l’étudiant de découvrir les réalités professionnelles (recherche documentaire + interview de professionnels) et d’acquérir une méthodologie pour la recherche de stage et d’emploi.

Cette UE est constituée de plusieurs dispositifs: le projet professionnel de l’étudiant, le portefeuille des expériences et des compétences (PEC), les ateliers CV/réseaux sociaux/lettre de motivation et une sensibilisation au droit du travail.

Langue

française

Prérequis

OSMP1 « ou toute UE ayant un contenu similaire »

Description

Atelier CV/ réseaux sociaux

Objectif

-       - Savoir-faire un CV

Prérequis

OSMP1 « ou toute UE ayant un contenu similaire »

Objectif

-       - Analyser et valoriser ses compétences

-       - Analyser et valoriser ses atouts

Description

Sensibilisation au droit du travail

Prérequis

OSMP1 « ou toute UE ayant un contenu similaire »

Objectif

-       Acquérir une méthode de travail universitaire

-       Savoir travailler en équipe

-       Savoir prendre contact avec un professionnel

-       Savoir restituer à l’écrit et à l’oral un travail de recherche

Prérequis

Licence 1 SV

Description

CM : Culture cellulaire et méthodes de transfections : cellules eucaryotes animales. - Marqueurs d’apoptose, prolifération, viabilité, organites intracellulaires et fractionnement cellulaire. - Méthodes d’obtention des anticorps et utilisations en biologie cellulaire : Cytométrie en flux, immunohistochimie et cytométrie, Immunoprécipitation, Western blot, Elisa, Introduction à la microscopie à fluorescence et confocale. Applications aux biotechnologies rouge.

TD : exercices de cytométrie en flux, Western Blot, Elisa, Immunohistochimie, microsopie confocale. Analyse de résultéts d'artucles issus des techniques décrites en cours.

TP : Elisa (3h), Culture cellulaire + Transfection de cellule animale (3h), Cytométrie en  flux (3h), Test de différenciation cellulaire + Prolif MTS/Rhodamine (3h)

Langue

Français

Objectif

Connaître et maîtriser conceptuellement et techniquement certains outils de bases de la biologie cellulaire animale. Connaître les concepts de base des biotechnologies et leurs utilités.

Prérequis

UE Biologie et Physiologie Végétales 1 et 2 (L1)UE Physiologie Végétale (L2)ou toute UE ayant un contenu similaire

Description

CM : Cette UE vise à présenter les concepts de base des Biotechnologies végétales : cultures in vitro des plantes (micropropagation, cultures de méristèmes, microbouturage …), régénération de plante entière à partir de cellules isolées (protoplastes, embryogénèse somatique), techniques de transformation des cellules végétales (méthodes directes et indirectes via un vecteur biologique).

TD : Les TD comprendront des exercices sur la préparation des milieux de culture (solution mère, dilution...) ainsi que des exercices portant sur la transformation des cellules végétales (basés sur des articles scientifiques).

TP :Les TP comprendront une préparation de protoplastes, la manipulation sur suspension cellulaire végétale, une expérience sur la micropropagation,  ou un exemple de transformation via un vecteur biologique.

___@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Langue

Français

Objectif

• Savoir manipuler en conditions aseptiques ;- Concevoir un protocole de préparation de milieux de culture ;- Savoir repiquer en conditions stériles ;- Maîtriser les principes de la régénération de plantes entières et des techniques de transformation des cellules végétales ;
• Savoir rédiger un compte-rendu expérimental ;- Savoir analyser et interpréter des résultats expérimentaux.

Prérequis

Bac : Spécialités SVT, Physique Chimie et MathsUE Constituants Moléculaires et Structure de la Cellule

Description

CM :   15 h  **Préparation d’un échantillon protéique : lyse cellulaire, homogénéisations mécaniques et centrifugations différentielles…    **

Techniques de séparation des protéines : Précipitation (sels neutres, solvants, isoélectrique…) différentielle ; Ultrafiltration ; Chromatographies sur couches minces ; Chromatographies d’exclusion, d’échange d’ions, d’interaction hydrophobe et d’affinité ; Electrophorèse sur acétate de cellulose, papier ou agarose ; Immuno-électrophorèse ; Zymographie ; Electrophorèses en gel de polyacrylamide (mono et bidimensionnelles), conditions natives ou dénaturantes ; Western blot et Lectin blot

Analyse des protéines : Notions de cristallogenèse ; Technique de diffraction des rayons X ; Visualisation des structures tridimensionnelles des biomolécules

  Dosage des protéines : Dosage des protéines totales par spectrophotométrie et des techniques colorimétriques (Biuret, Lowry, BCA et Bradford) ; Dosages spécifiques de type enzymatique, immunologique et biologique

TD :    12 h : Exercices d’application en relation directe avec le cours

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Langue

Français

Objectif

Savoir définir les principales techniques de séparation (en expliquant les principes physico-chimiques), d'analyses et de dosage des protéines.

Prérequis

L'UE génétique des eucaryotes.Bases en mathématiques, en statistiques

Description

CM :              

A) Le Génome Humain : structure et organisation

B) Cytogénétique et applications en clinique humaine

• Techniques d'étude des chromosomes (1): le caryotype

• Techniques d'étude des chromosomes (2) : la cytogénétique moléculaire

• Interprétation du caryotype

• Principales anomalies chromosomiques (anomalies de nombre, de structure)

C) Bases moléculaires de pathologies génétiques

D) Génétique des populations : application au diagnostic

• Loi de Hardy Weinberg

• Deséquilibre gamétique

• consanguinité

• mutation

• sélection

TD :Exercices et études de documents seront proposés aux étudiants sur les différents points abordés en cours.

TP :    Analyses caryotypiques- Analyses de polymorphismes

  @font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Langue

Français

Objectif

• Connaissances de la structure et l’analyse d’un génome

• Approche probabiliste de la génétique, analyse de la transmission des caractères dans une généalogie et dans les

  populations

• Diagnostic de maladies génétiques par des approches de cytogénétique et moléculaires

• Initiation de la modélisation de l’évolution, de la fréquence des gènes dans les populations

• Mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale

• Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation

@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Prérequis

UEs  Constituants Moléculaires et Structure de la Cellule ; Biologie Moléculaire de la Cellule.

Description

CM : 1- Les tissus ; 2- La matrice extracellulaire ; 3- Le cytosequelette ; 4-Diapédèse. TD : La transition épithélio-mésenchymateuse. La barrière hémato-encéphalique. L'interaction cytosequeleete/matrice extracellulaire (pathologies neuromusculaires). Les colorations en histologie. Observations microscopiques de tissus après coloration.

Langue

Français

Objectif

Appréhender la relation cellule/environnement et acquérir les notions nécessaires aux UE des semestres 5 et 6.

Prérequis

Les UE Introduction à la Biodiversité et Constituants Moléculaires et Structure de la Cellule.

Description

CM :   BDR s’adresse à un large public de futurs biologistes aux projets professionnel et académique variés.

Biologie végétale (11 CM = 16,5h) Développement et reproduction des Spermaphytes : floraison et facteurs externes, gamétogenèses mâle et femelle, pollinisation et phénomènes d’auto-incompatibilité, fécondation, développement embryonnaire et post-embryonnaire. Formation du fruit et physiologie du murissement du fruit.

Biologie Animale (14 CM = 21h) Développement embryonnaire (segmentation, gastrulation, organogenèse) et plan d’organisation chez les Métazoaires triploblastiques. Embryologie comparée des modèles animaux (drosophile, oursin, xénope, poulet, souris). Mise en place des annexes embryonnaires. Stratégies reproductives chez les animaux.

TD (4,5h) : Seule la partie végétaliste conserve 3 séances de TD : élongation du tube pollinique, mise en place du système ABC et régulation de la floraison.

TP (12h) :

2 séances « végétal » 1) Gamétogenèses mâle et femelle chez le lys et 2) Description des fruits simples secs et charnus et fruits complexes.

2 séances « animal » 1) Gamétogenèses mâle et femelle chez les mammifères et 2) Développement embryonnaire précoce chez des exemples d’animaux modèles.

@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}@font-face {font-family:Calibri; panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:swiss; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-469750017 -1073732485 9 0 511 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Langue

Français

Objectif

Concevoir le dynamisme des processus de développement embryonnaire chez les végétaux supérieurs et les animaux. @font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Prérequis

Les UE Constituants Moléculaire et Structure de la Cellule (S1) ; Biologie Moléculaire de la Cellule (S2) et de Biologie Moléculaire du Gène 1 (S3).

Description

CM (10h30):

• Mécanismes moléculaires de la traduction chez les procaryotes et les eucaryotes

• Régulations traductionnelles

• Régulations post-transcriptionnelles (contrôle qualité des ARNm, mécanismes de dégradation des ARNm, ARN régulateurs)

• Modifications post-traductionnelles des protéines (aspects moléculaires et rôles biologiques) : clivages protéiques, établissement de ponts disulfures, modifications de nature chimique (phosphorylation, glycosylation, lipidation …), modifications avec ajout de groupes peptidiques (ubiquitination, sumoylation…)

TD (7h30):                

• Questions de synthèse et QCM en lien avec le cours

• Analyses de résultats extraits d’articles scientifiques permettant d’illustrer les mécanismes vus en cours (traduction des ARNm, mécanismes de régulation et modifications post-traductionnelles)

• Description des outils de biologie moléculaire adaptés à l’étude de ces mécanismes.

TP (9h):        

- TP expérimentaux (6h) :   Analyse de l’expression du gène blaCTX-M 9 conférant la résistance au Céfotaxime (extraction d’ADN plasmidique par lyse alcaline, PCR et test d’antibiorésistance)

• TP initiation à l’analyse bio-informatique de séquences (3h, distanciel) : 1) Analyse in silico des plasmides recombinants utilisés en TP expérimentaux (recherche des éléments impliqués dans l’expression de la résistance au céfotaxime) ; 2) Etude de mutations dans le gène de l’insuline et impact sur la protéine.

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Objectif

Comprendre les mécanismes moléculaires mis en jeu, chez les procaryotes et les eucaryotes, pour l’expression du génome (de l’ARN à la protéine) et sa régulation, et appréhender l’ensemble des modifications post-traductionnelles. Maitriser les principes des techniques classiques de biologie moléculaire dédiées à l’étude de ces mécanismes@font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-size:11.0pt; mso-ansi-font-size:11.0pt; mso-bidi-font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Arial; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:0pt; mso-ligatures:none; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; margin-bottom:10.0pt; line-height:115%;}div.WordSection1 {page:WordSection1;}

Prérequis

Notions sur la structure des macromolécules(UE Constituants

Moléculaires et Structure de la Cellule (S1))

Notions sur les caractéristiques des bactéries (UE Bactéries et virus (S3))

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Description

CM : Génome bactérien. Transferts de matériel génétique chez la bactérie (conjugaison, transduction, transformation). Régulation génétique chez les bactéries (Etudes de mutations dans des opérons inductibles ou répressibles). Cartographie/complémentation.TD : exercices d'application . TP : Mutagnenèse chez E. coli. Caractérisation de régions promotrices bactériennes par fusion transcriptionnelle avec le gène rapporteur lacZ.

Langue

Français

Objectif

• Maîtriser les notions et les bases de l'analyse génétique, de la cartographique et l’analyse fonctionnelle chez les procaryotes

• Maîtriser les concepts de transformation, conjugaison et transduction chez les bactéries,

• Savoir calculer une distance cartographique

• Développer sa capacité à mobiliser des connaissances théoriques acquises dans des exercices d’applications variés.

• Mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.

• Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

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Description

0.33 points seront ajoutés à la moyenne du semestre si vous réalisez des activités de type sport à l'ASUL, musique dans une association universitaire, une implication dans le bureau d'une association universitaire,... Attention l'attribution de ces points est soumise à validation par le/la Vice Doyen à la pédagogie.

Prérequis

UE « Constituants Moléculaires et Structure de la Cellule » et UEs « Biologie Moléculaire du Gène 1 et 2 »

Description

CM :   - Création de molécules d’ADN recombinées (types d’inserts, principe de l’amplification PCR, enzyme de restriction et de modification, vecteurs (plasmidiques, phagiques et d’expression).

            - Clonage moléculaire (transfection et infection, criblage des recombinants en fonction de la séquence de l’ADN cloné ou de l’expression protéique de cet ADN).

            - Caractérisation de l’ADN cloné (principe du séquençage et du Southern-blot).

TD :    - Exercices d’application en relation directe avec le cours

TP :       - Construction et clonage d’un vecteur recombinant (amplification par PCR et purification de l’insert sur colonne, quantification de l’ADN purifié, ligature dans le vecteur pGEM®-T, transformation bactérienne avec test blanc-bleu, screening par PCR des clones recombinants obtenus).

            - Sur-expression de la protéine animale codée par l’insert dans le système procaryote E. coli BL21/pET (culture de la bactérie recombinante, induction par l’IPTG de la synthèse de la protéine d’intérêt, séparation électrophorétique des protéines (SDS/PAGE), révélation de la protéine sur-exprimée par coloration au bleu de Coomassie). Purification de la protéine d'intérêt.

            - Analyses bio-informatiques relatives aux molécules clonées utilisées lors de l’expérimentation.

Langue

Français

Objectif

Acquisition de techniques expérimentales classiques de biologie moléculaire et utilisation d’outils bio-informatiques associés. Elaboration de projets, mise en œuvre pratique, analyses et interprétations critiques de résultats expérimentaux.

Prérequis

• Outils de Sciences Appliquées pour la Biologie 1 et 2 (OSAB 1 et 2) - ou tout enseignement de statistiques équivalent

Description

Bio-Statistiques TD (15h):

• Généralités : statistiques exploratoires (paramètres de position et de dispersion) et description graphique des données ; notion de tests d’hypothèse et de probabilité critique ; normalité d’une distribution - Tests de conformité (à une moyenne et à une fréquence théorique) - Tests d’homogénéité (échantillons indépendants et appariés) : comparaison de 2 moyennes et de 2 fréquences - Tests du Chi-2 - Régression Linéaire Simple - Analyse de Variance à un facteur (ANOVA) sur échantillons indépendants - Equivalents des tests précédents en conditions non paramétriques ** Analyse Bio-Informatique des Génomes CM (3h) : ** Présentation des banques de données en bio-informatique et des algorithmes fondamentaux pour la prédiction de gènes (procaryotes et eucaryotes) et pour l’alignement de séquences (nucléotidiques et protéiques).

TP (12h):

• Prédiction de gènes codants pour une protéine au sein d’une séquence d’ADN procaryote et eucaryote : approches intrinsèques (ORFing, outils de prédiction de gènes ab initio) et approches extrinsèques (recherche de similarité via outils d’alignement de séquences ; BLAST et ses différentes fonctionnalités). - Recherche d’informations au sein d’une séquence nucléotidique : recherche de motifs (promoteur, sites d’épissage, site de reconnaissance par des microARN …), polymorphismes de l'ADN. - Recherche d’informations au sein d’une séquence protéique : profil d’hydrophobicité, prédiction de structures secondaires, de domaine transmembranaire, de sites d’adressage (localisation), prédiction de sites de modifications post-traductionnelles, recherche de domaines et motifs protéiques (prédiction de fonction). - Analyse de l’impact d’une mutation sur la protéine

Langue

Français

Objectif

acquérir de solides bases dans le domaine des statistiques appliquées à la biologie; être capable d’interroger des banques de données biologiques et de manipuler les outils bio-informatiques élémentaires en vue de rechercher des informations structurales et fonctionnelles sur un gène.

Prérequis

Constituants moléculaires et structures de la cellule

Description

CM : Métabolisme des Nucléotides - Rappel structure des bases azotées, des nucléosides, des nucléotides.  - Synthèse des ribonucléotides puriques.- Voie de récupération des bases puriques / syndrome de Lesch Nyhan.  - Régulation de la synthèse des ribonucléotides puriques.- Synthèse des ribonucléotides pyrimidiques. - Régulation de la synthèse des ribonucléotides pyrimidiques chez les bactéries vs chez les animaux / acidurie orotique.- Synthèses des désoxyribonucléotides ; structure, mécanisme réactionnel et régulation de la ribonucléotide réductase de type I ; synthèse de la thymine / anti-folates. - Dégradation des nucléotides puriques ; cycle des nucléotides puriques, déficiences ADA et PNP, hyperuricémie (origine et traitement de la goutte)

 Métabolisme des acides aminés  - Dégradation des acides aminés- Introduction -Dégradation des protéines.- Dégradation enzymatique des protéines alimentaires  - Dégradation des protéines cellulaires - turn over - Devenirs métaboliques des groupements aminés   - Transfert des groupements alpha aminés au glutamate- Formation d'ammoniaque à partir du glutamate - Transports de l'ammoniaque vers le foie  - Excrétion d'azote et cycle de l'urée - Cycle de l'urée et maladies génétiques - Voies de dégradation du squelette carboné des acides aminés  - Les acides aminés dégradés en acétyl-CoA   - Les acides aminés dégradés en pyruvate  - Les acides aminés dégradés en alpha-cétoglutarate - Les acides aminés dégradés en succinyl-CoA    - Les acides aminés dégradés en oxalo-acétate    - Les acides aminés cétogènes - Synthèse des acides aminés - Introduction - Les précurseurs des acides aminés :   - L'alpha-cétoglutarate.  Biosynthèse du glutamate et de la glutamine. Biosynthèse de la proline.     Biosynthèse de l'arginine  - Le 3-phospho-glycérate. - L'oxalo-acétate et le pyruvate   - Régulation des voies de biosynthèse des acides aminés Contenu des TD :  Exercices d'application sur le cours et analyse d’articles

Langue

Français

Objectif

Intégration de différentes voies métaboliques et leur positionnement dans les physiopathologies associées, repérage de cibles thérapeutiques et utilisation de médicaments, thérapie cellulaire, thérapie génique.

Prérequis

Génétique bactérienne et mendélienne

Description

CM : Partie I : Aspects moléculaires de la recombinaison génétique. - La recombinaison génétique homologue et la jonction de Holliday.  - La recombinaison génétique spécifique : exemples des tyrosines recombinases des phages lambda (intégrase l) et P1 (Cre).  Partie II : Les éléments génétiques mobiles procaryotes.- La transformation naturelle des bactéries et la compétence.- Le facteur F et le relaxosome.- Les IS - Les transposons.- Les intégrons.   - Les modes de transposition et les transposases. Partie III : Dynamique du génome eucaryote. - Transposons et retro-transposons eucaryotes.  - Régulation des éléments transposables par l'hôte.Partie IV : Evolution moléculaire des génomes.  - Les introns.- Le code génétique.

 TP :- Les intégrons et leur mobilité (l'idée est de mettre en évidence le mécanisme de déplacement de cassette d'intégron lorsque l'on applique un stress "antibiotique" à des bactéries)

Langue

Français

Objectif

Appréhender les mécanismes de la dynamique des génomes.

Description

Familiariser les étudiants avec des aspects sociaux, culturels et professionnels du monde qui les entourent.

Prérequis

UE Métabolisme énergétique et introduction à l'enzymologie (MEIE)

Description

CM : Chapitre 1 : Métabolisme des lipides. - Digestion, absorption et transport des lipides. - Compléments à l'oxydation des acides gras. - La biosynthèse des acides gras.  - Le cholestérol et ses dérivés - hormones stéroïdiennes et sels biliaires.- Les eicosanoïdes. Chapitre 2 : Compléments au métabolisme des oses. Synthèse du glycogène - Dégradation du glycogène  - Régulation du métabolisme du glycogène

TD : Analyse d'articles et exercices en application du cours

Langue

Français

Objectif

L'étudiant doit être capable d'associer des situations physiologiques aux grandes voies métaboliques qui affectent les lipides et le glycogène.

Prérequis

UEs BPA et BCE du L1, UEs BC, TBCAV et NPSM du L2

Description

CM: Communication & signalisation intra & intercellulaire : 1 - Présentation et définition de la communication : endocrinie, paracrinie, autocrinie. Notion de transport et de disponibilité. Notions d’agonistes et antagonistes, de transduction du signal 2 - Les molécules de la signalisation chimique et leurs récepteurs : Diversité des messagers : Hormones stéroïdes et peptidiques, facteurs de croissance, neuromédiateurs, cytokines, antigènes, médiateurs lipidiques, signaux de mort… Méthodes d’étude des couples ligand/récepteur 3 - Les récepteurs présents à la surface cellulaire : Récepteurs couplés aux protéines G : sous classes de récepteurs, différentes protéines G (cycle des Prot G), les effecteurs (AC, PLC, PLA, PDE…) ; Amplification du signal, Phosphorylation/Internalisation des récepteurs ; Récepteurs à activité Tyrosine kinase ; Récepteurs des cytokines et protéines kinases non réceptrices, autres récepteurs (ser/thr Kinases, Guanylate cyclase, récepteurs canaux…). 4 - Voies intracellulaires de transmission des signaux et second messagers : voie de l’AMPc : PKA et ses cibles (exemples : adrénaline, aMSH…), EPAC/Rap ; voie des Phospholipides et Ca++ : IP3, DAG, PKC (exemples de la calmoduline, du glutamate et concept de Hebb, …), GMPc (exemple de la vision), Voie de ras et des MAP kinases, Voie PI3K/AKT (exemple des facteurs de croissance, de l’insuline), voie JAK/Stat (exemple GH, cytokines). Modification de l’activité des protéines : phosphorylation, ubiquitinylation, motifs de liaisons protéines-protéines… Principaux facteurs de transcription : NFKB, CREB, AP1, NFAT…5 - Récepteurs aux stéroïdes : hormones sexuelles, Corticostéroïdes, Vit D…6 - Interactions cellule-matrice (adhérences focales, hémidesmosomes…). Caractéristiques des molécules impliquées. Matrice et signalisation cellulaire (intégrines, adhésion cellulaire, interaction avec la voie des MAPkinases). Microvésicules extra cellulaire et communication.

TD : Exercices, analyses d’articles scientifiques et étude d’un sujet type.

Langue

Français

Objectif

Connaissances sur les communications intercellulaires : connaissances du cheminement d’une information allant de sa perception à la surface cellulaire aux effets biologiques, en passant par les seconds messagers et les modifications post-traductionnelles des protéines impliquées.

Prérequis

Constituants moléculaires et structures de la cellule

Description

CM : Rappels sur la structure des protéines A- La liaison peptidique B - Structures secondaires C - Motifs structuraux D - Le reploiement des polypeptides et la structure tertiaire E - La structure quaternaire

Structures des acides nucléiques A – Facteurs affectant la structure de l'ADN B – Dénaturation et renaturation et interactions ioniques C – Les structures en double helice de l'ADN

TD : Détermination de la structure primaire des protéines    - Méthode chimique   - Spectrométrie de masse Structure des acides nucléiques

  TP : Les bases de données : PDB ; SCOP et CATCH - Analyses des interactions ADN-Protéines

Langue

Français

Objectif

Appréhender et comprendre les interactions protéine/protéine, protéine/ligand et protéine/ADN

Prérequis

l'UE Biologie et Physiologie Animale

Description

CM  : 1- La reconnaissance d’un signal de danger microbien par les cellules de l’immunité innée (récepteurs PRR et leurs signalisations)  2- Le CMH et la présentation de l’antigène (structure et fonction du CMH, transmission, voie endogène, exogène présentation croisée, présentation d’Ag non protéiques, les différentes CPA, origine et leur rôle). 3- Les messagers du système Immunitaire (cytokines, récepteurs, signalisations) aspects physiologiques et physiopathologiques. 4- L’activation et la différenciation des lymphocytes T (les 3 signaux, les sous-populations lymphocytaires T et cytokines polarisantes) 5- L’activation et la différenciation des lymphocytes  B (thymo-dep : CG, SHM, commutation isotypique et thymo-indépendante) 6- Structure et  fonction effectrices des anticorps 7- L’immunité anti-infectieuse innée (ex: système du complément dans la défense antibactérienne, place des IFNs dans la lutte anti-virale) 8- L’immunité anti-infectieuse adaptative (à partir d’exemples de microbes à multiplication extra et intracellulaire)

TD : Exercices, analyses de documents et étude d’un sujet type.

Langue

Français

Objectif

Connaître les mécanismes cellulaires de la mise en place et du développement de la réponse immunitaire.

Description

TP :   - Purification de la LDH de cœur de porc : précipitation différentielle des protéines au sulfate d’ammonium, chromatographies (d’exclusion, échangeuse d’anions et d’affinité), concentration des protéines par précipitation au sulfate d’ammonium et centrifugation.

                    -  Analyses quantitatives : suivi de la purification (tableau de purification) avec dosage protéique à chaque étape de purification par la méthode de Lowry et test d’activité enzymatique LDH (mesure de la variation de la [NADH] au cours du temps par spectrophotométrie).

                    - Analyses qualitatives : électrophorèse en gel de polyacrylamide en conditions natives, coloration des protéines au bleu de Coomassie et test d’activité enzymatique LDH in situ par coloration des isoformes actives de la LD présentes dans le gel.

Langue

Français

Objectif

Cette unité d’enseignement permet d’appréhender, sur 4 journées consécutives, un certain nombre de techniques de purification d’une protéine d’intérêt basées sur les différentes propriétés physico-chimiques des protéines.

Prérequis

Bio-statistiques et Analyse Bio-informatique des Génomes (S5)

Description

Connaître et utiliser les banques de données et les logiciels de bio-informatique (existants sur le Web ou en ligne de commande), qui permettent de traiter les données biologiques générées par les nouvelles biotechnologies (bases de données, logiciels de traitement de séquence, outils de prédiction, logiciels statistiques). « Bioinformatique » :

• « Du gène à la fonction » : Interroger et exploiter les informations issues des banques/bases de données biologiques dédiées au génome, au transcriptome, au protéome.

• Comparaison de séquences nucléotidiques/protéiques : Principes fondamentaux (matrices, score de similitude…), Alignement global et local, les différents types de BLAST et ses fonctions avancées, Alignements multiples de séquence, notion de phylogénie ; Recherche d’homologie et de fonctions biologiques.

• Annotation fonctionnelle : notion de Gene Ontology (GO) : recherche de termes GO associés à un gène, analyse d’enrichissement en termes de GO dans une liste de gènes. Autres annotations (KEGG, Reactome…).

• Cas pratique : à partir d’une séquence nucléotidique : être capable de prédire la fonction de la protéine codée par cette séquence à travers l’utilisation d’alignement de séquences, d’annotation par homologie, d’interrogation des différentes bases de données

• Cas pratique : analyse d’un jeu de données biologiques (exemple d’une liste de gènes différentiellement régulés issus d’une analyse transcriptomique) : analyse statistique et représentations graphiques, recherche d’annotation et analyse d’enrichissement en termes d’annotation (GO ou autres) (outils online et sous R). « Initiation à R » :

• Apprentissage de la programmation en R à travers la réalisation des tests statistiques acquis dans l’UE « Biostatistiques et Analyse Bio-informatique des Génomes » (S5) : tests paramétriques et non paramétriques visant à la comparaison de 2 moyennes, à la comparaison multiple de moyennes, à l’analyse de corrélation…

• Visualisation graphique des données sous R (ex : nuage de point, histogramme, boîtes à moustaches…)

• Analyses multivariées avec R (Analyses en Composantes Principales et Analyses Factorielles des Correspondances)

Objectif

Les étudiants maitriseront les commandes de bases de R et pourront réaliser les tests statistiques acquis dans l’UE « Bio-statistiques et Analyse Bio-informatique des Génomes » et visualiser graphiquement leurs résultats sous cet environnement de programmation. Ils seront capables d’étudier les séquences nucléotidiques et protéiques pour en comprendre et mettre en évidence les éléments qui peuvent expliquer sa fonction/activité biologique. Ils seront initiés aux analyses multivariées et aux analyses d’enrichissement fonctionnel, largement utilisés dans le cadre des analyses « omiques ».

Prérequis

génétique des eucaryotes (L2) ; introduction à la génétique humaine

Description

CM : A) Modèles Animaux - Définition, Intérêt des modèles animaux en génétique - modèles naturels, expérimentaux, génétiquement modifiés - organismes modèles (caractéristiques et techniques propres à chacun) : levure, drosophile, souris,…- phénotypage B) Utilisation des modèles animaux pour l’étude des génomes. TD : analyses de documents sur les concepts abordés en cours- Exemples de modèles de pathologies : préparation tutorée d’exposés et mise en commun des acquis sous forme de minicolloques

Langue

Français

Prérequis

Technologie de l’ADN recombinant 1

Description

               - Outils (vecteurs d’expression et systèmes d’expression (bactéries, levures, lignées cellulaires, animaux (souris), …),

               - Constructions des vecteurs, utilisation de méthodes innovantes de clonage.

               - Mutagenèse in vitro et applications

               - Transgénèse et applications ; les différentes méthodes utilisées chez la souris jusqu’au système CRISPR/Cas9

               - PCR quantitative

               - Stratégies de production de molécules recombinantes chez la bactérie et applications

               - Stratégies de production de molécules recombinantes chez la levure et applications

Langue

Français

Objectif

Appréhender l’élaboration et l’utilisation d’outils moléculaires utilisés pour la recherche fondamentale et le génie génétique appliqué aux biotechnologies et aux biothérapies.

Description

Dans le cadre de l’UE projet, les étudiants organisés en groupe de travail produisent et présentent un document multimédia d’une dizaine de minutes sur un sujet en relation avec la biologie qu’ils ont proposé et qui a été validé. Le document peut prendre la forme d’un reportage, d’un documentaire, d’un tutoriel, …

Objectif

Créativité, esprit critique, esprit d’équipe, négociation, jugement et prise de décision, utilisation de logiciels de montage vidéo.

Prérequis

UE « Constituants moléculaires et structures de la cellule », UE « Biologie Moléculaire de la Cellule », UE « De la cellule au tissu »

Description

CM :    

• Trafic intra cellulaire et cytosquelette : microtubules, microfilaments et transports associés
• Echanges nucléo-cytoplasmiques : import et export protéiques, export des ARN
• Transports mitochondriaux : import des protéines, transports vésiculaires depuis les mitochondries
• Internalisation et externalisation de molécules et particules : transport au travers la membrane plasmique, endocytose, phagocytose, exocytose
• Trafic intracellulaire des protéines : RE, golgi, peroxysome, transcytose

TD :    

• Exercices et analyse de documents en relation avec le cours

Langue

Français

Objectif

Connaissances à l’échelle cellulaire et moléculaire des échanges entre les différents compartiments cellulaires par l’intermédiaire de vésicules ou autres intermédiaires membranaires.

Prérequis

MEIE

Description

CM : Partie 1. Compléments sur la cinétique michaelienne et les inhibitions :

A. Méthodes de transformation de l’équation de Michaelis et applications

• Notions d’ordre d’une réaction - Equation intégrée de Michaelis, en conditions d’ordre 1 - Equation intégrée de Michaelis, en conditions d’ordre indéfini

B. Inhibitions enzymatiques

• Rappels sur les inhibitions réversibles - Cas particulier de l’inhibition incompétitive : Inhibition par excès de substrat - Inhibition irréversible - Mesure du degré d’inhibition d’une réaction enzymatique (Ki et IC50)

Partie 2 : Méthodes de mesure des activités enzymatiques

• Principe de mesure d’une activité enzymatique - Effecteurs d’une réaction - Modalités de détermination des activités enzymatiques - Mesures des activités enzymatiques

Partie 3 : Spécificités enzymatiques

• Stéréospécificité - Structure du site actif - Etats de transition et énergie libre d’activation - Les différents types chimiques de mécanismes catalytiques - Exemples de mécanismes catalytiques : les protéases à sérine

 Partie 4 : Cinétique à deux substrats

• Mécanisme à deux substrats sans formation de complexe ternaire : Ping-Pong - Mécanismes à deux substrats avec formation d’un complexe ternaire : ordonné et aléatoire - Mécanismes plus complexes - Inhibitions des systèmes à deux substrats

Partie 5 : Régulation allostérique – cas de l’hémoglobine

– Enzymes et effecteurs allostériques - Modèles pour l’allostérie (symétrique et séquentiel) - Equation de Hill - Etude de l’hémoglobine

 TD :  Exercices d'application sur le cours

TP :  Analyse de deux enzymes commerciales : LDH de cœur bovin et LDH de muscle de lapin.- Détermination expérimentale des activités enzymatiques spécifiques des deux enzymes - Cinétique enzymatique en conditions saturantes et non saturantes de substrat - Détermination des paramètres cinétiques des enzymes, en présence ou non d’effecteurs.

Langue

Français

Objectif

Savoir identifier un mécanisme enzymatique à un substrat, deux substrats et allostérique